Mokuton - unikatowa zdolność Pierwszego Hokage, a teraz Yamato, polegająca na zamianie swej chakry w energie życiową. Niestety wraz z jego śmiercią ta umiejętność na długi czas poszła w zapomnienie, gdyż nikt nie odziedziczył po nim tej umiejętności. Mokuton pozwala użytkownikowi na nieograniczoną kontrolę nad ziemią i wodą, dzięki czemu może
wytwarzać wszelaką roślinność i potem nią manipulować. Rozmiary i długości wytwarzanych roślin, są ograniczone jedynie do woli i ilości chakry posiadacza. Ponadto techniki Mokuton pozwalają na kształtowanie drewna
według woli użytkownika (Yamato, na przykład potrafi wznieść wielką willę lub stworzyć klona z drewna), dzięki temu shinobi może tworzyć naprawdę wymyślne i oryginalne techniki, które jednak są w znacznym stopniu narażone na techniki powiązane z żywiołem ognia.

Poziom pierwszy-
Mokuton- można robić pojedyncze szpice drewniane, które wyrastają z ziemi. Z łatwością można przemieszczać się pod ziemią

Poziom drugi-
Mokuton- można robić wszystko co na poziomie 1, oraz: drewniane klony, i 10 naraz szpiców.

Poziom trzeci(dla nielicznych)-
Mokuton- można robić wszystko co na poprzednim poziomie, oraz: nieograniczona ilość szpiców, i dowolnej wielkości przedmioty